In fast allen Bundesländern ist die Jagd auf Nilgänse erlaubt. Mit gezieltem Abschießen soll die Population verringert werden. Auch in Baden-Wûrttemberg dürfen die Wasservögel geschossen werden. Einige Nilgänse landen so auch auf dem Esstisch, angeblich soll ihr Fleisch ideal für einen Braten sein.
Seit 2017 steht die Nilgans auf der EU-Liste der gebietsfremden invasiven Arten. Das bedeutet, dass auch Deutschland verpflichtet ist, den Bestand einzudämmen, denn die Nilgans verdrängt heimische Arten an ihren Brutplätzen. Auch auf Äckern richtet sie neben anderen Gänsearten Fraßschäden an.
Die Nilgans, die ursprünglich aus Afrika stammt und sich seit den 1980er-Jahren stark in Deutschland ausgebreitet hat, macht heimischen Wasservögeln Konkurrenz um Brutplätze und Nahrung. Mit ihrem aggressiven Verhalten kann sie lokale Ökosysteme stören und die Artenvielfalt gefährden. Auch für die Landwirtschaft stellt sie ein Problem dar, da sie Felder und Pflanzen beschädigt.